小精灵伯纳德(马丁·弗里曼)是一位身份卑微的粪便清理员，做事神经大条，爆囧糗事不断，而他的梦想是成为大发明家。在一场科技大赛上，他不仅搞砸了实验，还意外地给精灵城引来了惊天危机。大反派班尼侵袭精灵城，所有人都面临灭顶之灾。伯纳德在重重险境中误打误撞，却惊喜不断，发现自己是唯一可以拯救这场灾难的人，在甜心女特工Shiny(阿什丽·提斯代尔)的鼓励下，他鼓起勇气誓要穿越时空，挽救一切。